Загрязнение водоемов области заметно сказывается на ухудшении качества питьевой воды. Причины этого опасного явления кроются в том, что осуществляется строительство различных предприятий и животноводческих комплексов в природоохранной зоне водозаборов, сброс неочищенных или частично отработанных канализационных стоков в городах, расположенных в бассейнах рек. На ухудшение качества воды влияет также ее хлорирование. Большую опасность для водоемов представляет сброс в канализацию отходов гальванического производства (при нарушении технологической дисциплины).

Так, в год предприятиями одного только Пскова в канализацию поставляется: цинка - до 70 т; железа - 0,5т; никеля - до 10т; нефтепродуктов - 90 т; хрома - 2,5 т; аммонийного азота - 550 т; меди - 13 т; фосфатов - 700 т.

Чтобы представить себе опасность такого количества сбрасываемых веществ, достаточно учесть, что 1 тонна нефти загрязняет от 6 до 12 кв. км водной поверхности. Аммонийный азот, фосфаты, являясь биогенными веществами, обеспечивают так называемое "цветение воды" даже в реке Великой и Псковско-Чудском водоеме.

Очистные сооружения Пскова не справляются с очисткой всей массы воды. Кроме того, они не предназначены для очистки от солей тяжелых металлов. В ряде городских поселений области очистные сооружения вообще отсутствуют (Новоржев, Себеж, Струги Красные, Локня, Кунья, Усвяты, Красногородск, Плюсса, Новосокольники).

За последние 30 лет наблюдений за изменениями состава воды Псковско-Чудского водоема специалистами отмечено увеличение концентраций различных веществ: калия и натрия - в 6 раз; сульфатов - в 5 раз; хлора - в 3 раза; фосфора - в 10 раз; органических веществ - в 2 раза.

В Псковской области до настоящего времени не решен вопрос о захоронении и утилизации токсичных отходов промышленных предприятий. Объемы этих отходов составляют около 30 тысяч тонн в год. В области нет полигона для обезвреживания опасных отходов. Кроме того, выявлено 13 свалок промышленных отходов и 156 стихийных свалок бытовых отходов. Из 485 сельскохозяйственных предприятий только 20 отвозят бытовые отходы на свалки.

В крупнейших городах области - Пскове и Великих Луках - сложилась опасная обстановка, связанная с невозможностью утилизации огромной массы (сотни тысяч тонн) осадков очистных сооружений, канализации. В Пскове с 1981 по 1989 год было накоплено 1 064 450 кубических метров токсичных осадков. В пересчете на сухое вещество эта величина составляет 53 222 тонны, где содержится: меди 184 т; никеля 14 т; марганца 18т; цинка 143 т; кадмия 5 т; хрома 127 т. свинца 3 т

В городе разработан уникальный проект сооружения предприятия для переработки илового осадка и получения товарных продуктов (смазочно-охлаждающих жидкостей, строительных материалов и т. д.).

В черте города Пскова на берегах реки Великой часто встречаются родники, водой которых охотно пользуется население (особенно во время массовых заготовок на зиму сельхозпродуктов). По своим качествам вода здесь лучше и чище водопроводной. Однако город стоит на пористых трещиноватых известняках, которые хорошо просачивают поверхностные воды. А это таит в себе известную опасность возможного загрязнения родниковых вод токсичными веществами в случае их залпового выброса в результате аварии или других случайных обстоятельств.