Главным притягательным центром Пушкинского заповедника является Михайловское - бывшее родовое имение Ганнибалов-Пушкиных. В 1742 году Михайловская губа, входившая в состав дворцовых земель, по указу императрицы Елизаветы Петровны была пожалована Абраму Петровичу Ганнибалу - "арапу Петра Великого". Так предки Пушкина впервые вступили на эту землю. После смерти А.П. Ганнибала часть Михайловской губы отошла к деду Пушкина Осипу Абрамовичу Ганнибалу, который и основал здесь в конце XVIII века небольшое село. Усадьба с господским домом и службами расположена на холме, над рекой Соротью. С южной стороны к усадьбе примыкает парк, переходящий в сосновый бор, со склона холма открывается великолепный вид на реку Сороть и широкую долину с озером Кучане, за ним виднеется Петровский парк.
Старинный ганнибаловский дом, в котором жил Пушкин, не сохранился, но восстановлен таким, каким был при жизни поэта, здесь сосредоточена основная музейная экспозиция. Главный южный вход ведет в переднюю, здесь показана история Михайловского, представлены документы о пожаловании его Ганнибалу, карта дорог того времени, материалы, рассказывающие о приездах сюда юного Пушкина в 1817 и 1819 годах и о днях ссылки 1824-26 годов. Из передней направо двери ведут в кабинет Пушкина, налево - в комнату няни Арины Родионовны, или "девичью". В этой комнате когда-то за пяльцами работали дворовые девушки, здесь хранятся предметы крестьянского и помещичьего быта того времени. Три комнаты северной стороны дома - спальня, гостиная, или зальце и столовая - обычно занимались изредка приезжающими родителями поэта. Сейчас в зальце все те же "штофные обои, портреты дедов на стенах и печи в пестрых изразцах", стоит старинная мебель, недавно установили бильярд, точно такой же, какой был при Пушкине.
Восстановлен в первоначальном виде, по воспоминаниям современников, кабинет поэта. В центре кабинета - старинный письменный стол, кресло с откидной спинкой, подножная скамеечка, подаренная А.П Керн, книжная полка, невысокая этажерка, на которую Пушкин складывал книги и рукописи, кровать с пологом, белый камин. На стене портрет Байрона с надписью на обороте: "Подарено А.С. Пушкиным Аннет Вульф 1828 г." - портрет одна из главных реликвий музея. В кабинете, среди личных вещей поэта - знаменитая девятифунтовая железная трость, с которой он любил ездить на ярмарки в Святые горы.
Рядом с домом-музеем, слева от него, деревянный флигелечек в зарослях сирени и акации, известный под именем "домик няни". Одна половина дома - банька, другая - светелка Арины Родионовной - няни поэта. С другой стороны дома стоят еще три флигелька: кухня и людская, дом управляющего и дом приказчика. Они восстановлены в точности и повторяют свой прежний облик.
Любимое место прогулок Пушкина, Михайловский парк был разбит дедом поэта в конце XVIII века. Через весь парк проходит широкая еловая аллея, служившая раньше въездом в усадьбу. В еловой аллее немного сохранившихся двухсотлетних ганнибаловских деревьев, на месте утраченных деревьев сотрудники заповедника в 1947 году посадили новые, которые уже заметно выросли. В конце аллеи восстановлена фамильная часовня Ганнибалов-Пушкиных. Под углом к сосновой аллее, за небольшим прудом расположена одна из красивейших, сохранившихся до наших дней, аллей парка - липовая аллея, носящая в народе еще одно название "аллея Керн", в память о великом шедевре, написанном А.С. Пушкиным после посещения Михайловского Анной Петровной Керн в июне 1825 года. В парке есть пруды, на одном из которых находится любимый уголок Пушкина - "Остров уединения", восстановлены старые мостики и беседки, найдены и расчищены старые дорожки.
Небольшое красивое озеро Маленец, расположенное на западной окраине усадьбы и окруженное с трех сторон сосновым лесом - тоже любимое место Пушкина. Природа этого уголка не изменилась и в наши дни. Так же, как и раньше, в спокойной глади озера отражается стена леса, и никем не пуганые стаи диких уток спокойно плавают у самих берегов.