Николай Петрович Яхонтов родился в селе Кунино Новоржевского уезда Псковской губернии в 1764 году.

Яхонтовы состояли в родстве с выдающимся деятелем русской культуры поэтом, переводчиком, архитектором, графиком Н. А. Львовым, поэтами Г. Р. Державиным и В. В. Капнистом, А. М. Бакуниным - отцом известного революционера М. А. Бакунина.

В мае 1774 года десятилетний мальчик, по обычаю того времени, был записан капралом в Преображенский полк.

В январе 1784 года он в чине капитана был уволен с военной службы и "пожалован к статским делам". В марте того же года зачислен служащим в Коллегию иностранных дел и вскоре направлен для работы в Стокгольм. В 1786 году был отозван в Петербург.

В сентябре 1793 года Яхонтов окончательно переселился в Псков, где жила его мать. Сразу занял место советника при тогдашнем губернаторе Зуеве, а в конце того же 1793 года принял на себя еще и обязанности директора казенного училища. С 1803 года по 1807 год служил председателем гражданской палаты. В конце 1807 года Н. П. Яхонтов вышел в отставку в чине действительного статского советника.

В 1798 году Николай Петрович женился на Екатерине Томасовне Диц - дочери бывшего псковского коменданта.

Умер Яхонтов в 1840 году. Похоронен на погосте Устье у стен древней церкви Николы.