Собственно, он не совсем даже и Феофан Прокопович. Родился в Киеве, в семье небогатого купца. А вот когда родился и какое имя получил при крещении, толком неизвестно. Один биограф утверждает, что случилось это 17 июня 1677 года и ребенка назвали Елисеем, другой пишет, что будущий мыслитель родился 9 июня 1681 года и получил имя Елеазар.

Мальчик рано потерял родителей. Его взял под свою опеку дядя по матери, профессор и ректор Киево-Могилянской академии Феофан Прокопович. Выходит, что Прокопович - это фамилия матери Елисея (Елеазара), фамилия же отца до сих пор неизвестна.

После смерти дяди-опекуна для Елисея (Елеазара) наступают тяжелые дни - ни денег, ни пищи. Он оставляет академию и отправляется в путешествие, чтобы лучше познать мир. В Польше меняет веру - становится униатом и получает новое имя - Самуил.

Не спеша проходит юноша через многие европейские страны, и в 1698 году Самуил Церейский (может, это и есть его подлинная фамилия) уже значится студентом-философом Коллегии святого Афанасия в Риме. Однако он не прельстился блестящей карьерой на чужбине и в октябре 1701 года тайком покинул Рим.

Опять пешком путешествует по Европе, знакомится с учеными-реформаторами. Достигнув границ родины, снова принимает православие. В 1705 году уже преподает в Киевской академии, где когда-то учился сам. А перед этим постригся в монахи, приняв имя и фамилию своего дяди-опекуна. Отныне молодой ученый становится Феофаном Прокоповичем II. Позже назначается ректором академии.

В 1711 году Петр взял Прокоповича с собой в Прутский поход, а затем вызвал его сначала в Москву, а в 1716 году - в Петербург.

Феофан Прокопович становится сподвижником Петра.

С 1718 по 1724 год Прокопович занимает официальную должность епископа, а потом архиепископа Псковского и Нарвского.

Одновременно с этим Феофан Прокопович ведет большую работу по созданию (в 1721 году) Святейшего синода.

Умер Прокопович 8 сентября 1736 года и похоронен в Новгороде, в Софийском соборе.