Родился он приблизительно в 1605 году (точных данных о годе рождения нет) в Пскове в семье небогатого помещика. Детство прошло в Опочке. Юноша получил хорошее по тем временам образование, знал математику, изучил немецкий и латинский языки. С 1622 года нес военную службу на псковской земле. В середине 1630-х годов обосновался в Пскове, завел дом, женился на дочери псковского дворянина Василия Колобова.

В 1642 году Ордин-Нащокин ездил на шведскую границу для осмотра и исправления ее, а также для принятия, на основании Столбовского договора, пограничных земель, вероломно захваченных шведами.

Во время русско-шведской войны 1656-1658 годов он был друйским воеводой.

В 1658 году при активной роли Ордина-Нащокина было заключено перемирие со Швецией.

С именем А. Л. Ордина-Нащокина связано и учреждение в 1666 году международной почты. Установилась почтовая связь с Польшей и Курляндией.

Последние восемь лет жизни Афанасий Лаврентьевич провел под Псковом, в Крыпецком монастыре. В 1672 году он постригся в монахи и получил монашеское имя Антоний.