Родился он в дворянской семье 13 апреля 1849 года в сельце Никольском Торопецкого уезда Псковской губернии. Когда подрос, был определен в гимназию в Пскове. Прошел полный курс ее. Затем окончил таксаторские курсы при гимназии. Он мог бы стать помещиком, но избрал другой путь - путь борьбы за народное дело.

В 1873 году, оставив Медико-хирургическую академию, Ю. Н. Богданович отправился "в народ" в Самарскую губернию, которая в то время голодала. Ходил по деревням, знакомился с жизнью крестьян, пытался осторожно, намеками, иносказаниями показать истинных виновников их бедственного положения.

В 1876 году Юрий Николаевич примкнул к только что возникшей организации "Земля и воля".

После убийства царя он был арестован и 18 июля 1888 года умер, замученный тяжелой неволей.